検索するとすぐに見つかるが、ちょっと嵌ってしまったのでメモしておく。
基本的には以下のコマンドを打てば良い。
$ LANG=C xdg-user-dirs-gtk-updateするとこんなダイアログが表示されて
「Update Names」ボタンをクリックするとフォルダ名を変更してくれる。
ここで、「Don’t ask me this again」をチェックしておかないと再起動した時にもとに戻すか聞かれるので（デフォルトの言語と設定が異なると聞いてくるようだ）忘れずにチェックする。
また、コマンドが存在しない場合は、
sudo apt-get install xdg-user-dirs-gtk
でインストールしておく。
インストール直後であれば、これでOKだと思うのだが、すでにある程度使用した後であれば各フォルダの中身が空では無いだろう。
その場合、フォルダはリネームされずに別途英語名のフォルダが作成されてしまうようだ。
中身を手動で移動させてから日本語フォルダを削除するか、予め中身を退避した後に日本語フォルダを削除してからコマンドを実行すると良いだろう。
なお、もとに戻す場合は以下のコマンド。
LANG=ja_JP.UTF-8 xdg-user-dirs-gtk-update
何かしらの理由で英語フォルダへの変更がうまく行かなかった場合（中途半端になったりした場合）、再表示しないにチェックをしているので日本語->英語のダイアログはコマンドを打っても表示されなくなるので、一旦これで英語に戻してからやると良いかもしれない。
なお、試してはいないが、結局この設定は
~/.config/user-dirs.dirs
の中身を書き換えているだけなのかも？
